HiSeq 2000具有以下特點：
前所未有的產量——HiSeq 2000能夠在單次運行中產生200 Gb的數據，每天能產生25 Gb。該系統使用兩個流動槽和一種新穎的雙表面成像方法，能夠使測序通量及實驗靈活性提升到新的水平。
突破性的用戶體驗——HiSeq 2000具有簡化和直觀的單個操作員流程，啟動運行僅需10分鐘的手工操作時間。即插即用試劑，觸摸屏界面，以及實時的運程運行監控，讓儀器操作更簡單。文庫制備時96個樣品的平行處理顯著降低了手工操作時間和整體的費用。
無可比擬的經濟操作——研究人員以30倍的覆蓋度對兩個人類基因組進行測序，每個基因組的費用不到1萬美元。HiSeq 2000能以單個或兩個流動槽的模式運行，并同時運行需要不同讀長的應用。
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